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Logo no início da série (mais precisamente na primeira missão do Time Sete fora do País do Fogo), surgem as primeiras informações sobre clãs e linhagens avançadas (Kekkei Genkai). No mundo de Naruto, algumas técnicas secretas e/ou características genéticas são passadas de geração a geração através dos clãs – e muitos países com força militar ninja são julgados de acordo com a qualidade e fama desses clãs. O clã Hyuuga e o clã Uchiha de Konohagakure, por exemplo, são mundialmente conhecidos e temidos, aumentando a já inflamada moral do País do Fogo.
ABURAME
Resumo: O clã Aburame é um dos muitos que fazem parte da Vila da Folha e sua habilidade característica é a manipulação de insetos.
AKIMICHI
Resumo: Outro clã da Vila da Folha, os Akimichi usam sua notável massa corporal para lutar.
CLÃ DO HAKU
Resumo: Originado no País da Água, esse clã tinha a incrível habilidade de criar gelo (Hyuuton), combinando os chakras naturais Fuuton (Vento) e Suiton (Água).
FUUMA
Resumo: Os membros do clã Fuuma possuem uma técnica única de linhas de chakra que só pode ser desfeita por eles próprios.
HYUUGA
Resumo: Todos os membros do clã Hyuuga são facilmente reconhecidos graças aos olhos brancos e sem pupila.
INUZUKA
Resumo: A característica mais relevante desse clã de Konoha é que seus membros sempre lutam em conjunto com familiares caninos.
KAGUYA
Resumo: Pouco se sabe desse clã além de sua fama de serem agressivos e violentos, verdadeiros amantes da guerra.
KAMIZURU
Resumo: O clã Kamizuru costumava ser importante na Vila Oculta da Pedra, e faziam parte da frente de batalha contra Konoha durante as guerras ninja.
NARA
Resumo: Os Nara são capazes de manipular sombra e utilizar essa habilidade a seu favor durante um combate.
UCHIHA
Resumo: Um dos clãs fundadores de Konoha, juntamente ao clã Hyuuga, do qual os Uchiha decendem.
YAMANAKA
Resumo: Os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários.
OUTROS
O clã Aburame é um dos muitos que fazem parte da Vila da Folha e sua habilidade característica é a manipulação de insetos. Os membros deste clã vivem em simbiose com esses bichos, que se alimentam do chakra do ninja e habitam seu corpo dentro de vários orifícios espalhados estrategicamente pelo organismo; em troca, os insetos obedecem a todas as ordens de seu mestre, sendo usados de toda e qualquer forma durante uma batalha ou missão: servem como “espiões”, defesa, matéria para bunshins (clones) e, é claro, ataque.
Outro clã da Vila da Folha, os Akimichi usam sua notável massa corporal para lutar. A maioria de suas técnicas envolve modificar o tamanho do corpo e aumentar ainda mais o próprio peso a fim de infligir os maiores danos possíveis: a técnica mais conhecida e usada por Chouji é o Baika no Jutsu, onde ele aumenta o corpo até ficar numa forma esférica e esmaga o inimigo como uma bola gigante de carne.
Originado no País da Água, esse clã tinha a incrível habilidade de criar gelo (Hyuuton), combinando os chakras naturais Fuuton (Vento) e Suiton (Água). Não se sabe o nome dessa família, já que seu único membro conhecido, Haku, não foi apresentado com nenhum sobrenome.
Esse clã foi apresentado na saga filler que acontece do episódio 136 ao 141 do anime – portanto, sem nenhuma base no mangá. Orochimaru encontrou essa família enquanto estabelecia a Vila Oculta do Som no País do Arroz, e procurou se aproveitar da fragilidade do clã após uma guerra com o País do Ouro e da Prata, prometendo reerguer o clã em troca da submissão dos membros que ainda restavam.
Todos os membros do clã Hyuuga são facilmente reconhecidos graças aos olhos brancos e sem pupila. É um dos clãs mais antigos da Vila da Folha (senão o mais antigo) e originou, inclusive, outro clã famoso por sua kekkei genkai (linhagem avançada), que é o clã Uchiha (é possível ver a semelhança entre os membros de ambos os clãs: os Hyuuga e os Uchiha têm cabelos escuros característicos, e a kekkei genkai dos dois se manifesta na forma de Doujutsu).



Um dos clãs fundadores de Konoha, juntamente ao clã Hyuuga, do qual os Uchiha decendem (é possível ver a semelhança entre os membros de ambos os clãs: os Hyuuga e os Uchiha têm cabelos escuros característicos, e a kekkei genkai dos dois se manifesta na forma de Doujutsu). Seu patriarca e fundador é Uchiha Madara, que era um grande amigo do Shodai Hokage. 